主要区别有：

1、硬件平台

嵌入式Linux一般是Mips, ARM平台；

桌面Linux一般是x86平台。

2、根文件系统

嵌入式Linux一般用UBIFS, yaffs2, jffs2；桌面Linux一般用ext3。

3、shell不同

嵌入式Linux一般用busybox，桌面Linux一般用bash。